Die Tokalı Kilisesi besteht aus vier Kammern: der Alten Kirche, der größeren Neuen Kirche, der Seitenkapelle (parekklesion) und der Unterkirche. Die alte Kirche stammt aus dem 10. Jahrhundert. Ursprünglich war es eine einschiffige Kirche mit Tonnengewölbe. Die Apsis wurde jedoch zerstört, als Ende des 10. oder Anfang des 11. Jahrhunderts die Neue Kirche angebaut wurde. Nun bietet die Alte Kirche den Eingang zur Neuen Kirche. Die Alte Kirche ist mit hellen Rot- und Grüntönen geschmückt, die in Streifen gemalt sind, um Szenen aus dem Neuen Testament und Darstellungen einiger Heiliger darzustellen.
Tafeln aus reichem Indigo, die mit Pigmenten aus Badakshan-Lapislazuli-Stein bemalt sind, dominieren die Neue Kirche: Szenen aus dem Neuen Testament, Wunder Christi, die ersten Diakone, Episoden aus dem Leben des heiligen Basilius (einer der kappadokischen Patres), Darstellungen von Leades (einem der vierzig Märtyrer) und dem heiligen Menas. Der Aufwand wäre beträchtlich gewesen. Allein der Wert des Lapislazuli wird auf rund 31,5 Pfund Gold geschätzt. Gelehrte haben über die Identität der Spender spekuliert, wobei viele auf die Phokaden hindeuten, eine prominente kappadokische Familie. Es gibt jedoch keine überzeugenden Beweise dafür.
Die Neue Kirche wurde aus der Ostwand der Alten Kirche herausgehauen und mit Bögen im östlichen Stil und einer Reihe von Arkaden verziert. Die Paracclesion, die sich an der linken Seite der Neuen Kirche befindet, ist eine Kapelle mit Tonnengewölbe und einer einzigen Apsis. Die Unterkirche besteht aus drei Seitenschiffen und einem Grabplatz oder Krypto.